La nascita di una prima raccolta di reperti provenienti dal territorio nepesino risale agli anni ’80 del secolo scorso, quando l’amministrazione comunale di Nepi istituì un “deposito per i beni culturali” per conservare i materiali archeologici che minacciavano di essere dispersi o trafugati.  
Nel 1992, la Soprintendenza Archeologica per l'Etruria Meridionale, in collaborazione con il Comune di Nepi, realizzò la mostra 'le necropoli di Nepi'.   Al termine dell’esposizione, parte dei materiali ritornarono nei magazzini statali, mentre altri contribuirono a costituire il primo allestimento del Museo Civico, aperto regolarmente al pubblico dal giugno del 1995 nella Sala Nobile del Palazzo Comunale.
 All'inizio del 1998 l'esposizione museale fu trasferita temporaneamente nei locali seminterrati del Palazzo Comunale; ciò comportò una revisione dell'allestimento, arricchito nel corso del tempo da reperti ceramici ricomposti attraverso un accurato lavoro di restauro e da materiali lapidei recuperati all’interno del Forte dei Borgia di Nepi.
Dopo un lungo lavoro di riordino dei materiali ed il rientro a Nepi di importanti reperti archeologici provenienti dalle necropoli nepesine e dalla catacomba di Santa Savinilla, nella primavera del 2014 la sede museale ha trovato la sua definitiva collocazione nel palazzo storico adiacente al Palazzo Comunale.